内容摘要:随着全球各事务关联性增强,局部的公共卫生和防疫问题开始成为影响整个地区乃至世界的问题,对全球化科研合作也提出了新要求。第三,针对未来可能爆发的疫情,应提前建立起新的沟通渠道和相关准则。
关键词:疫情;开放;学术资源;研究人员;共享
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随着全球各事务关联性增强,局部的公共卫生和防疫问题开始成为影响整个地区乃至世界的问题,对全球化科研合作也提出了新要求。
近日,《自然》杂志发表了哈佛大学、布罗德研究所和麻省理工学院等多位研究人员的反思文章。文章提到,针对一些特殊情况,比如大规模爆发的跨地区疫情,对研究数据的开放存取(OA)提出更严峻的挑战。
共享速度是关键
2014年4月,埃博拉疫情进入一个新阶段,一个国际工作小组对从几内亚病人身上提取的埃博拉病毒基因组进行了测序,并成功地对其进行解读。该数据在当月便对公众进行了公布;两个月后,位于美国马萨诸塞州剑桥市的布罗德研究所(The Broad Institute in Cambridge,Massachusetts)和哈佛大学的学者又成功地攻克了99对埃博拉病毒基因组,这些病毒是从塞拉利昂的病人身上获取的。
布罗德研究所研究人员史蒂芬·夏弗纳(Stephen Schaffner)表示,这些研究数据在第一时间被研究人员上传到了公共基因序列数据库(GenBank),他们首先考虑的事情是通过基因研究的突破来遏制当时迅速发展的疫情。自从基因研究数据发布后,许多相关领域的学者如药物研究领域和疫苗开发领域的人们,与基因组研究人员组成了一个特别有凝聚力的研究联盟,一起奋战在抗击埃博拉病毒的前线。
“这些基因研究证实了埃博拉病毒最初是由几内亚传播到塞拉利昂的,并且证明了病毒主要通过人际传播,而不是蝙蝠等其他携带者;研究同时为对抗病毒后续传播提供了新方向,对有效诊断、疫苗开发和相关基于抗体的治疗等意义重大。”夏弗纳说。
夏弗纳透露,“然而,随后的3个月,埃博拉基因研究却陷入停滞。事实上,传到美国的埃博拉病毒基因已经发生变化,但受到一些机构的阻碍,不再有新的基因测序数据被公布。不管是埃博拉病毒还是西尼罗病毒,研究人员必须在相互合作中达成一定标准,并积累相关实践经验。如果国际学界能对共享信息达成快速分享研究信息的共识,日后国际共同应对重大疫情的反应能力将会获得有效提升。”
数据库改变“零星分散”
当前,国际上对于大规模爆发的疫情的科研数据快速而全面的分享惯例并没有形成,许多研究成果“零星而分散”,无法为快速发展的疫情提供更有效的科研支持。为应对这种状况,国际上目前已经做了一定的尝试和努力。以流感病毒为例,位于华盛顿的“全球共享禽流感数据提议组织”(Global Initiative on Sharing All Influenza Data,GISAID)2006年成立后,搭建起了一个良好的实践框架。有赖于此,在2009年甲型H1N1流感爆发期间,美国国家生物技术信息中心(the US National Center for Biotechnology Information,NCBI)创建了一个公共数据资源库(a public repository),供人们查找H1N1基因序列信息。
在疫情大规模爆发期间,研究人员在与时间赛跑,所以,相关研究数据的及时共享是特别重要的,同时也可能遇到重重阻碍。大规模疫情往往涉及不同地区和人群——这些地区对待疫情的手段、方式方法的标准不尽相同。对于研究信息可能蕴含的“财富价值”,地方政府和数据收集人员在共享过程中面临着来自各层面的阻碍。同时,在信息采集环节,还面临着来自于感染者方面的阻碍。
然而,国际基因组研究和数据共享已达成了一定共识。早在20世纪90年代,人类基因组计划(Human Genome Project)小组就把基于1000个样本的DNA序列数据提供给基因序列数据库(GenBank),仅仅在该研究产生24小时之内便公布了相关数据。同年,多国召开百慕大会议,以2005年完成定序为目标,分配了各国负责的工作,宣布研究结果将会即时公布,并完全免费。
此外,近些年来,许多关于病毒研究的数据,都在全部研究完成并出版之前,就进行了部分数据的快速共享,以使研究人员掌握来自不同研究小组的海量数据,比如关于代谢问题的研究(metabolite research),在数据共享方面也做出了表率。
数据共享需要指导
最近,相关政策和数据开始注意并考虑到在开放存取等数据共享时不同机构的利益,包括研究机构赞助者、数据使用者和分析者、科学出版商等,但发展方向仍然是更大规模的数据共享。美国国家健康研究院(the US National Institutes of Health)已经在数据共享方面达成共识,要求基因研究数据的公开时间应最迟在相关文章出版同时,也就是希望研究人员能够尽量早于出版著作公开、共享相关研究数据,尤其是大规模疫情的基因研究,呼吁数据应该实时公布。
针对数据共享中存在的如上问题,麻省理工学院教授南森·尤兹瓦克(Nathan Yozwiak)等研究人员提出了共享数据的几点建议。
第一,下一步应充分考虑开放存取的激励机制和安保措施,以使研究人员更有动机及时公开数据。其中的一种可能性是要求数据使用者(包括出版商)更好地尊重数据研究人员的成果,比如在相关数据公布6个月后,出版商优先为数据公布者做好后续的出版工作。同时,应充分协商网络使用、免责声明、数据库存储等相关环节。第二,在样本和数据收集阶段,必须考虑并规范起伦理的、严格的、标准化的模式,以促进研究成果的进一步共享。第三,针对未来可能爆发的疫情,应提前建立起新的沟通渠道和相关准则。







