当前，军事交流成为中美两国关系最为重要的领域之一，两国军事关系发展势头不错，双方互访不断。然而，长时间以来，中美军事关系一直停滞不前，这是因为两国在某些问题领域难以取得突破，中美两国军事互信严重缺乏。当两国关系遇到严重困难的时候，军事关系往往首当其冲。特别是在中国军事力量持续提升、美国重返亚太的国际环境下，中美两军之间的龃龉屡见不鲜。造成两国军事关系难以突破的问题有些是历史遗留问题，有些是近年来逐渐凸显的问题。

　　对台军售问题。对台军售问题作为中美关系的一个顽疾，在两国建交谈判过程中并没有得到解决，这为后来中美两军的纷争埋下了伏笔。在1982年的《八一七公报》中，美国政府承诺逐步减少对台军售，并经过一段时间实现最后的解决。但美国政府并未遵守其诺言。在此后的30多年，对台军售数额越来越大，武器越来越先进。奥巴马上台后更是变本加厉，分别在2010年和2011年两次对台军售，总计122.44亿美元，此举严重损害了中国的核心国家利益，阻碍了两国的军事交流。从目前来看，美国无意停止对台军售。例如，2013年8月1日，美国众议院通过了《2013台湾政策法案》，谋求继续推动对台军售。2014年4月7日，美国众议院通过所谓的《2014年确认“台湾关系法”与军舰移转法案》，再度要求奥巴马政府对台出售佩里级巡防舰。

　　近海侦察问题。中美近海侦察问题是指美国在中国专属经济区海域及其上空频繁地进行海空侦察测量活动，从而引起中美纠纷和冲突。回顾历史可以发现，美国在中国近海进行情报侦察并非新出现的问题。新中国成立以后，美国一直对中国进行侦察活动，但受限于冷战时期特殊的国际环境，这一问题并未成为中美关系的核心议题。冷战结束后，随着中国国力的提升，中美两国在这一领域的博弈逐渐凸显。2001年4月1日的撞机事件发生后，引起了中美两国关系的危机，并加剧了两军之间的不信任。近年来中美在这一领域没有取得突破，还有日趋严峻之势。由于美国在西太平洋的战略需求，以及中美双方对国际法的理解不同，这一问题恐怕将长期困扰中美军事关系。